La chiesa e l’adiacente ospedale di Santo Spirito furono costruiti nel 1271 per volontà di Mainardo II e sua moglie Elisabetta. Distrutta da una piena del Passirio il 22 settembre 1419, la chiesa venne ricostruita nella forma attuale nel 1483. Al suo fianco, sul lato meridionale, si trovava l’ospedale che svolse la sua funzione fino alla costruzione del nuovo ospedale cittadino nel 1905. Ristrutturato l’edificio funse da casa di riposo fino al 1938, quando fu abbattuto per fare posto alla “casa del popolo”, l’attuale canonica. Con il 1870 la chiesa di Santo Spirito diviene il centro per la pastorale degli italiani a Merano, e qui nel 1898 viene fondata la Società Operaia Cattolica, una società di mutuo soccorso degli artigiani e degli operai di lingua italiana, nata sotto l’influsso dell’enciclica “Rerum Novarum”. Dal 1951 Santo Spirito diviene parrocchia.